Vlajka Vexilologického klubu byla přijata dne 6. března 1976 a je tvořena červeným listem, přes který je od žerdi položen bílý klín dosahující do středu vlajícího lemu a na něj další, modrý klín dosahující do středu vlajky. Vlajku navrhl člen klubu PhDr. Zbyšek Svoboda, který je také autorem emblému klubu vytvořeného na základě klubové vlajky. Změna názvu nevedla ke změně vlajky, avšak byl vytvořen nový emblém ČVS, jehož autorem je Petr Exner.
The Club´s flag was adopted on 6 March 1976 and it consists of a red field (2:3) charged with a white triangle extending to the fly. Another blue triangle is laid on the white one. Its top extends to the half of the length of the flag. Author of the flag Zbyšek Svoboda designed also the emblem of the Vexillological Club by modification of the flag. The change of the name (2005) didn´t lead to the flag change, but the emblem of CVS was changed. Its author is Petr Exner.